首先，发酵中药的实质是利用微生物对药材进行的生物转化，这样可以改变药物的药性，使其更加有效地发挥作用。实验结果表明，经过发酵处理后，灵芝菌的生物量显著增加，其祛痰止咳作用也大大增强。
其次，微生物有可能将中药中的有毒物质进行分解，从而降低药物的毒副作用。例如，莱菔子、麻黄、连翘、金银花等中药经过发酵处理后，其毒性大幅降低。
此外，发酵中药还可以产生新的活性物质。由于微生物会形成丰富多样的次生代谢产物，它们有些本身就是功效良好的药物，或者可以与中药中的有效成分发生反应形成新的化合物。这些新产生的化合物有可能具有更强的药理作用或更低的毒性。
最后，通过益生菌发酵中药，还可以促进中药的吸收和代谢。一方面，肠道菌群可以将中药的有效成分大分子转化为小分子，使其更容易被人体吸收；另一方面，中药的许多成分经肠道菌群反应和益生菌的次生代谢产物产生协同作用，可以增强药效，降低毒性成分，从而减轻对机体的损伤。
总之，发酵中药的目的主要是为了实现药物的增效降毒，从而提高药物的疗效，扩大中药的使用范围。同时，发酵中药还可以产生新的活性物质，促进中药的吸收和代谢，为中药的发展开辟新的研究空间。
